En su segunda campaña, la escuadra granate participó en la Serie A Regional. Se proclamó nuevamente campeón de grupo y obtuvo a posteriori, otra vez ante el Galicia de Ferrol, el título gallego de aficionados. En el sector nacional, cae en la primera eliminatoria contra el Sama de Langreo. Y eso que a punto estuvo de remontar el 5-1 adverso con el que regresó del Principado de Asturias. Le faltó un tanto.

En la temporada 1943-1944, el equipo se estrena en categoría nacional. Una Tercera División en la que intervienen conjuntos del noroeste peninsular. La cuarta plaza obtenida al final del campeonato, se decoró con el título de la Copa Galicia. El Pontevedra contaba con una plantilla formada por doce delanteros, cinco medios, cinco defensas y tres porteros.

La primera experiencia en Tercera División había servido para despertar el interés y la ambición de unos aficionados que querían algo más que una buena clasificación liguera o los triunfos en las competiciones coperas.

La directiva, presidida en ese momento por Manuel García Lastra, hace un generoso esfuerzo para la época con la adquisición de algunos nuevos jugadores. El resultado fue decepcionante. Ni se alcanzó la fase de ascenso a Segunda División, ni se hizo buen papel en los torneos por eliminatorias.